Showing posts with label systematics. Show all posts
Showing posts with label systematics. Show all posts

Tuesday, August 01, 2023

Artkryss 2023

Fåglar

Dryobates minor, mindre hackspett, dvergspett

Växter

Primula finmarchica, svenskt namn saknas, finnmarksnøkleblom

(syn. Primula nutans subsp. finmarchica)

Lavar

Acarospora molybdina, atlantspricklav, norskt namn saknas

Umbilicaria arctica, rynkig navellav, vardelav (eg. har jag kryssat den, men det var länge sedan, i Bodø år 2001)!

Monday, January 06, 2020

Xanthomendoza in Norway

Fortfarande så stolt!

A revision of Xanthomendoza in Norway is just published. From accepting only a single species in the 1980's, we now recognize five. The long enigmatic X. ulophyllodes is reinstated in the Nordic lichen flora.

Abstract: We distinguish five Xanthomendoza species in Norway, viz., X. borealis, X. fallax, X. fulva, X. oregana, and X. ulophyllodes, based on morphology and molecular evidence. This paper gives an updated taxonomy of the Norwegian species of Xanthomendoza, and addresses previous misconceptions. Xanthomendoza ulophyllodes is reported as occurring in Norway. The species was previously misunderstood in Norway and removed from the Nordic checklist. We show that the nuclear internal transcribed spacer (nrITS) is a useful barcode marker for the treated species. We provide a key and short descriptions of the species, with notes on specific issues, ecology, geographic distribution, illustrations, maps, and a DNA reference library (DNA barcoding).

Xanthomendoza ulophyllodes (Herbarium photograph of BG-L-103816, Norway, Oppland, NordFron. Lindblom & Blom L240, (BG). GenBank: MN238699. Scale bar: 2 mm. Photo: E. Timdal.) 

Thursday, December 05, 2019

Fjärde december

Jag jobbade hela dagen nästan med att revidera vårt Xanthomendoza-manuskript!

Och funderade på årets julköttbullar!
https://mittkok.expressen.se/recept/kottbullar-i-ugn-enkelt-recept/
https://www.koket.se/jul-med-ernst/ernst-kirchsteiger/kottbullar-i-ugn--ernsts-recept/
https://www.ica.se/recept/kottbullar-i-ugn-725937/

Eller
https://underbaraclaras.se/2014/12/17/basta-julkottbullarna/

Tuesday, November 19, 2019

Forskningsmaterial


I eftermiddag jobbar jag med att väga upp små torkade blad i Eppendorftuber. 0,020 g (20 mg) av varje insamling. Tänker på senvintern 1988, när jag satt med utsikt mot Norra Vallgatan i Lund och mätte karaktärer på herbarieexemplar av röda vinbär, släktet Ribes. Jag tyckte arbetet gick för långsamt, tyckte det var svårt, och kände mig ensam. Men jag höll ut - duktig var jag (men förstod det inte)! Därför låtsas jag nu, att jag går in i herbariesalen en gång varje eftermiddag och frågar hur det går! Och kollar att jag dricker tillräckligt mycket; luften i herbarier är så torr!
<3 p="">

Wednesday, October 16, 2019

Submission

Igår var det tisdag, och som vanligt gick jag på frimärksklubben, BFK. Jag var där vid 19-tiden, för vi skulle ha styrelsemöte, där jag är suppleant.
Men innan dess hade jag hunnit med att göra massvis denna oktober-tisdagen:
- Satt upp 60+ PCR-reaktioner (kloningsprojekt för en doktorand som ska bli färid, samma som innan i år)
- Redigerat och fixat sista på manuskriptet, och till sist skrivit brev till redaktören - och äntligen skickat in hela paketet (manuskript, figurer, kartor, tabeller)!
- Varit på projektmöte (say no more)
- Tagit årets influensavaccin på apoteket (service!)
- Provat och köpt ett par svarta byxor, som jag ska ha på alla fester (till exempel på lördag)
- Stickat litegrann på min Campside (mys)

© Alicia Plummer

Monday, May 13, 2019

Mission accomplished

All sequences for the first run-through of all PCR products from the three markers are delivered now.

I have attached all sequence tables to this email.

I assume that all sequences will be processed by the Seq.Lab. by next week.

Good luck with the data processing and analyses!

I await your instructions for further work to complete the project (for example; extra clones from any of the markers/samples, new PCR product to clone etc).

All the best wishes,

Friday, October 24, 2014

Äntligen

It's published! Lindblom, L. & Blom, H. H. 2014. "Xanthomendoza poeltii is a synonym of X. oregana (Teloschistaceae, lichen-formig ascomycetes. Lichenologist 46:829-832.

Äntligen! Foto här.

Tuesday, March 11, 2014

Xanthoria speciation

Tycker att jag hade en poäng med denna argumentation:
"The phylogenetic trees constructed from DNA sequence data resulted in paraphyly of X. calcicola, because X. aureola is nested inside the same clade, which was also the case in a previous study (Scherrer & Honegger 2003). There is a fundamental distinction between gene trees and species trees (Avise 2000, Rosenberg & Nordborg 2002). Paraphyly, or even polyphyly, in gene genealogies might be a temporary transitional state before finally reaching reciprocal monophyly, owing to incomplete lineage sorting of a genetically variable ancestral population (Avise 2000). Consequently, the genealogical paraphyly observed here cannot be taken as evidence that X. aureola and X. calcicola are conspecific, nor can it be interpreted to mean that colonization has proceeded from an inland rock-walls to maritime habitats. The morphological, chemical, and ecological differences along with the lack of shared haplotypes, on the other hand, indicate that X. aureola and X. calcicola are best treated as separate species."

Lindblom & Ekman (Myc. Res., 2005, sid 194)

Saturday, January 04, 2014

Forskningsprocessen; ett exempel

Äntligen kom min artikel i Herzogia! Man kan inte se den på hemsidan ännu*, men jag har särtrycket, som jag fick fredagen den 20 december! Åh, det har varit en lång resa!

Historien började på våren år 2007. Jag var lättare desperat jobbmässigt, eftersom mitt post-doc hade gått ut 2006, och ingen av mina  ansökningar till Forskningsrådet lyckades. Jag sökte då i Synthesys om tre veckors forskningsbesök i Köpenhamn. Och äntligen blev en ansöking beviljad! Naturligtvis ingen lön, men resa, kost, logi och forskning betald! Och så kunde jag tillbringa helgerna i Skåne hos familjen!

23 juli 2007 startade projektet! Det var jag och Ulrik Søchting (som var opponent på min avhandling 1997) som ville genomföra en revision av arterna Xanthoria borealis (nordhemisfärisk utbredning) och Xanthoria mawsonii (sydhemisfärisk utbredning, på Antarktis). De tre veckorna skulle jag i stort sett jobba med att producera DNA-sekvenser. Tillsammans skulle vi studera morfologi och lägga upp strategi för analyser och publikation.

Det började i stort sett bra. Men det visade sig att jag hade fått den algspecifika ITS-primern istället för primern för svampens ITS! Och det är svampen ((mykobionten) som avgör lavarters systematiska placering... Pust; men jag klarade bakslaget och att producera tillräckligt med data till analyserna.

Och jag fick faktiskt tid att uppleva mer än bara laboratoriet under de veckorna! Tivoli, Zoologisk have, grillkväll hemma hos Ulrik och hans familj...

Artikeln publicerades 2008 (Lindblom, L. & Søchting, U. Taxonomic revision of Xanthomendoza borealis and Xanthoria mawsonii (Lecanoromycetes, Ascomycota. Lichenologist 40: 399-409). Men jag kunde inte glömma algsekvenserna och gick länge och ruvade på dem. Till slut i början av 2012, fick jag ändan ur vagnen, hittade sekvens-filerna, editerade och alignade dem. Och jag tyckte att strukturen var intressant, men körde ganska snabbt fast. "Stuckness"... Det var Christian som fick mig på rätt kurs och som tyckte att jag skulle skicka in det färdiga manuskriptet till Herzogia. Jag är så tacksam!  Första versionen var klar i mars 2013.

När kom refereernas "dom"? I början av juli, och det var mycket som måste fixas innan artikeln blev accepterad! Jag blev faktiskt lite förvånad över vilken hög amibitionsnivå refereerna förväntade, tidksriften har inte precis någon hög såkallad impact factor. Men jag gjorde det!!! Skickade in det reviderade manuskriptet i augusti och läste det sista korrekturet i slutet av oktober.

Och nu finns artikeln: Lindblom, L. & Søchting, U. Genetic diversity of the photobiont of the bipolar lichen-forming ascomycete Xanthomendoza borealis. Herzogia 26: 307-322.

Jag är nöjd med att få ut två artiklar av tre veckors intensivt lab-arbete! Ett par personer har definierat den sista artikeln som ett resultat av "serendipity". Jag håller med om att resultaten är så, men analyserna och skrivandet och produktionen av artikeln var hårt arbete, och jag är stolt över att inte ha gett upp!

*) Nu är den på webben!


Friday, December 13, 2013

Lucia

Det är Lucia idag, fredagen den 13 december. För mig börjar julstämningen varje år att infinna sig på kvällen den 12, när jag traditionsenligt bakar lussekatter. Jag följer receptet i en gammal upplaga av Vår Kokbok, men med extra socker och ännu mer extra smör. Och försöker låta bli att jobba in för mycket mjöl.

Lucia 2013

Xanthoria - systematik ger mig också julstämning.

Monday, September 09, 2013

Facebook writing: Nästa släkte

...jag ska skriva om är Rusavskia - men min lilla hjärna spjärnar emot...

Tuesday, August 27, 2013

Facebook writing: Xanthoria s. lat. V


Teloschistaceae: Xanthorioideae (Xanthoria s. lat.): Clade 2: Polycauliona

 Dette  innlegget, det første etter sommerferien, handler om grynmessinglav (Xanthoria polycarpa) og småmessinglav (Xanthoria candelaria).
 
Begge artene er små, men særlig grynmessinglav kan danne sammenhengende større kolonier. Thallus er noenlunde puteformet og lobene er smale.
Småmessinglav er oftest nesten helt dekket av apothecier, men soredier og isidier mangler. Grynmessinglav har av og til apothecier, men danner alltid soredier (blastidier) fra kanten og undersiden av lobene. Dessuten har grynmessinglav sterkt forgrenete lober med veldig tynne ytre lober, som antageligvis  også kan fungere som vegetative diasporer. Begge har ellipsoide pyknokonidier. De er festet til substratet med underbarken og korte hapterer.
Småmessinglav finnes over hele Norge, men mangler i Finnmark. Grynmessinglav er spredt over hele landet.
I Teloschistaceae-fylogenien i Fig. 1 i Arup m fl (2013) er små- og grynmessinglav hverandres nærmeste slektinger, basert på tre genfragmenter. Artene på denne greinen danner slekten Polycauliona, som er en stor slekt med 1) arter som er små blad- og busklaver som tidligere var i Xanthoria (f.eks. X. tenuiloba,  X. pollinarioides, X. tenax), sammen med 2) skorpeformete, placodioide og leprøse arter (f.eks. C. ludificans, C. luteominia, C. stellata). De fleste artene i slekten Polycauliona forekommer i sydvestre Nordamerika, og en ganske betydende del er til og med endemiske der. Noen få har en videre utbredelse, for eksempel de to artene som vi har her i Norge!
Altså: Grynmessinglav og småmessinglav er også i den nye taksonomien, i samme slekt: Polycauliona; Polycauliona candelaria og Polycauliona polycarpa. Denne slekten er nærmere slekt med Xanthoria s str enn hva den slekten som jeg skrev om før sommeren, dvs Xanthomendoza, er  (Fig. 1 i Arup et al. 2013).
 
En hypotese i jeg har hatt (Lindblom 2001) viser seg å være ganske god: «From my knowledge of the morphology in this genus, I would predict that Xanthoria tenuiloba, together with for example X. candelaria and X. polycarpa, is probably more closely related to the X. parietina/ X. calcicola branch than the X. fallax branch…”
Litteratur

Wednesday, July 03, 2013

Facebook writing: Xanthoria s. lat. IV

4) Xanthomendoza fallax: Som en konsekvens av revisionen av X. fallax-gruppen av Poelt & Petutschnig (1992a, b) trudde man ikke at X. fallax i strikt bemerkelse fantes i Norge (Krog et al. 1994: s 350).

Etter hvert fant jeg en kollekt i materialet som blitt ombestemt til X. ulophyllodes i herbariet i Oslo, som jeg mente var X. fallax. Men ettersom jeg bare jobbet med min revision av artene i Nordamerika, gjorde jeg ikke noe annet enn å legge igjen en lapp med kommentar i herbariekonvolutten… Senere fant Einar Timdal enda en kollekt, som vi ble enig var riktig X. fallax! Vi hadde uavhengig av hverandre besøkt en av lokalitetene (Horten) uten å finne igjen arten. Men, mens vi holdt på å skrive på et manuskript om X. fallax i Norge, fant Einar riktig lokalitet i Oslo - og der vokser jammen en fin populasjon!

Vi har publisert dette i Graphis Scripta (Lindblom & Timdal 2004). Helt til slutt  kommenterte vi: ”… it is not unlikely that more localities may turn up, at least in southern parts of the country. ”, og joda, Einar (og Reidar) har funnet flere voksesteder i Vestfold og Telemark! Men den er fortsatt rødlistet som ”truet” (EN).

Jeg ser i NLD at der finnes to funn fra Nord-Trøndelag (herb TRH), men jeg tror de er feilbestemt; kanskje de egentlig er X. fulva?

Arten vokser på rikbarkstrær, alm, ask, lind og lønn. I Skåne har den to kjente voksesteder, begge på mur. En av murene står rett bak et almetre X. fallax var kjent fra, men som ble hogget ned pga almesyke (Frödén & Lindblom 2003).

Der er ikke noen beskrivelse av morfologien i NLD (ettersom X. fallax ikke var med i Krog et al. 1994), men her er noen ord fra Artfakta (svenske ArtDatabanken):
«
Fjällig vägglav har en gulorange till orange, upp till 30 mm bred rosettformad bål. Loberna är 1–2 mm breda, i stort sett plana och ibland svagt uppstigande. Vita till gula rhiziner förekommer ofta. Gula soral förekommer i kraterformade fördjupningar som bildas mellan över- och underbark på kanterna av korta sidolober. Apothecier är ovanliga, orange och 1–2 mm breda. » I NLD Photo Gallery er der 19 fotografier av typisk norsk X. fallax og lokaliteten i Oslo.

For meg er viktige diagnostiske karakterer:
- Thallus med liggende lober
- Soralen ser ut som små fuglereir med små grønnlige soredier (grønnlige fordi soredier har ikke noe barksjikt = forskjell fra blastidier)
- Rhiziner

Xanthomendoza fallax er antageligvis nærmest slekt med X. ulophyllodes (begge artene finnes både i Nordamerika og Europa), men også X. alfredii og X. novozelandica må tas med som potensielt nære slektninger (Fig 1 og Fig 3 i Arup et al. 2013). Men utifra de to figurene og teksten, ser det ut til at slekten Xanthomendoza trenger et nærmere studium fof å avklare relasjonene mellom artene.

Litteratur:
* Frödén, P. & Lindblom, L. 2003. Fjällig vägglav fortfarande kvar i Sverige. Lavbulletinen 2003: 22–25.
* Krog, H., Østhagen, H. & Tønsberg, T. 1994. Lavflora. Norske busk- og bladlav. 2 ed. Universitetsforlaget, Oslo.
* Poelt, J. & Petutschnig, W. 1992a. Beiträge zur Kenntnis der Flechtenflora des Himalaya IV. Die Gattungen Xanthoria und Teloschistes zugleich Versuch einer Revision der Xanthoria candelaria-Gruppe. Nova Hedwigia 54: 1–36.


* Poelt, J. & Petutschnig, W. 1992b. Xanthoria candelaria und ähnliche Arten in Europa. Herzogia 9: 103–114.
X. fallax, Norway, Vestfold, Horten - herb O-L41326

Tuesday, July 02, 2013

Facebook writing: Xanthoria s. lat. III

Xanthoria s. lat., Clade 2: Xanthomendoza
3) Xanthomendoza poeltii: er en europeisk(?) art, som ble beskrevet i 1997. I lavfloraen til Krog et al. ble den feilaktig kalt Xulophyllodes, men det er rettet opp i NLD. Det er en innlandsart og finnes fra Telemark til Nord-Trøndelag, på rikbark, for eksempel alm, ask, lønn, men av og til også på bjørk, osp og berg. 

NLD beskriver morfologien:
« Lober 1–1,5 mm brede, sentrale lober tett taklagte, avrundete, med soral som ofte er synlige fra oversiden som en smal bord langs lobekanten. Endelober av og til med nedbøyde spisser. Rhiziner ofte tallrike.» Der er syv illustrasjoner av Xpoeltii NLD Photo Gallery.

For meg er viktige diagnostiske karakterer:
- Thallus gir et rufsete, uordnet inntrykk
- Soralen som en bord langs lobene (norsk navn: leppemessinglav)
- Aldri apothecier eller pyknid

Xanthomendoza poeltii finnes i Krog et al. Lavflora; på side 314, men som Xulophyllodes. Arten ble opprinnelig beskrevet som ny for vitenskapen av Kondratyuk & Kärnefelt i 1997. Kanskje fordi den er så stygg og har en begrenset utbredelse i Norge, er den ikke med i Håkon Holien & Tønsberg sin Norsk Lavflora.

Xanthomendoza poeltii er nærmest slekt med Xgalericulata og Xoregana (begge nordamerikanske arter). Disse tre artene danner en monofyletisk gruppe, som er søstergruppe til de to norske artene i Xanthomendoza (Xborealis Xfulva), som jeg har skrevet om før i denne Fb-serien.

Jeg har en hypotese om at Xoregana (Nordamerika) og Xpoeltii (Europa) egentlig bare er to navn på samme art. Hvis jeg har rett, så vil Xoregana være riktig navn på arten (Gyelnik 1932).



Xpoeltii: Sweden, Skaane, Vomb - Arup & Ekman (herb O)

Friday, June 28, 2013

Facebook writing: Xanthoria s. lat. II

Xanthoria s. lat., Clade 2: Xanthomendoza

2) X. fulva: er i Norge ikke samlet lenger nord enn Steinkjær (Nord-Trøndelag). Akkurat som i Nord-Amerika se den ut til å ikke forekomme i kyststrøk, men er vanlig på Østlandet.

NLD sier:» Lober smale (0,3–0,8 mm), ± atskilte, som regel gaffelgrenete, med soredier på undersiden. Endelober ikke nedbøyde. Rhiziner få. Oversiden av varierende farge, guloransje, oransje eller nesten rødbrunt oransje. Apothecier sjeldne.”

Men NB at av og til har den masse oransje spisse rhiziner. Fine illustrasjoner i NLD.

For meg er viktige diagnostiske karakterer:
-          den dype oransje fargen (iblant nesten brunoransje)
-          røde pyknid som tydelige vorter på ovensiden (men de er oftest uvanlige)
-          thallus er tynn og nesten litt gjennomsiktig
-          de smale nesten fingeraktige smålobene («grunne innskjæringer»)
-          de grovkornete sorediene («blastidier»)

Xanthomendoza fulva er nærmest slekt med X. borealis (som jeg skrev om her i går), X. hasseana (Nordamerika) og X. montana (Nordamerika). I avhandlingen min (1997) skilte jeg ikke ut X. weberi (SO Nordamerika) fra X. fulva. (Men jeg rettet opp den feilen seinere, i 2006)… I figur 1 (Arup et al. 2013) kan man se at X. weberi egentlig ikke er nært beslektet med X. fulva i det hele tatt! So it goes…

Xanthoria fulva - Norway, Buskerud, Hole - 20041020 http://www.nhm2.uio.no/botanisk/lav/LAVFLORA/LAVFLORA.HTM

Thursday, June 27, 2013

Facebook writing: Xanthoria s. lat.

Xanthoria s. lat., Clade 2: Xanthomendoza
Slekten Xanthomendoza ble beskrevet i 1997 og innholdt en eneste art, typearten X. mendoza. Den forekommer i Amerika. I 2002 ble alle Xanthoria-arter med rhiziner og avlange konidier ført til Xanthomendoza, men slekten har også etterpå gjennomgått noen forandringer.

I dagens definisjon er alle arter bladformet (foliose) utenom en (X. trachyphylla). De har oftest rhiziner på undersiden og konidiene er lange og avlange eller smalt ellipsoide.

Fire arter i Norge. Denne gjennomgang er alfabetisk.

1) Xanthomendoza borealis: er en art med bipolar utbredelse (Lindblom & Søchting 2008). I Norge har vi den fra Oppland til Finnmark, på berg, gjerne tørt under overheng. Den vokser ofte sammen med Xanthoria (Polycauliona) candelaria og kan være litt vanskelig å skille fra den.

NLD beskriver morfologien meget godt:
«Thallus ± puteformet eller uregelmessig utbredt. Lober opprette, tettstående, 2–5 mm høye, avrundete eller med grunne innskjæringer, konvekse eller med nesten røraktig nedbøyde kanter. Oversiden dypt oransje til rødoransje, ± pruinøs mot spissene. Undersiden flekkvis med grovkornete soredier. Rhiziner få til mange. Apothecier meget sjeldne. Pyknidier som regel dårlig utviklede, pyknokonidier stavformede.» Der er fire meget illustrative fotografier av typisk norsk X. borealis i NLD Photo Gallery.

For meg er viktige diagnostiske karakterer:
- Thallus er ofte puteformet med opprette lober
- Oransje farge, oftest men ikke alltid mørkere enn X. candelaria
- Grove soredier (‘blastidier’)
- Ofte helt eller delvis pruinøs

http://www.nhm2.uio.no/botanisk/lav/Photo_Gallery/Xanthoria/borealis_G=Norway+Oppland+Dovre_D=20050803_H=O-L148963_O=E-Timdal_C=ET_I=DSC_1868.JPG


Kommentarer:
- TYPEARTEN: Xanthomendoza mendozae (Räsänen) S.Y. Kondr. & Kärnefelt, Progr. Probl. Lichenol. Nineties. Proc. Third Symp. Intern. Assoc. Lichenol., Biblthca Lichenol. 68: 26 (1997)

- ARTIKEL om X. borealis: LINDBLOM, L. & SØCHTING, U. 2008. Taxonomic revision of Xanthomendoza borealis and Xanthoria mawsonii (Lecanoromycetes, Ascomycota). – Lichenologist 40: 399-409.

Tuesday, June 25, 2013

Facebook writing: Xanthoria s. lat.


Figur 1 (Arup et al. 2013) viser forholdene mellom underordener, familier, underfamilier og slekter i ordenen Teloschistales. Våre norske arter av Xanthoria sensu lato finner vi, akkurat som før, i familien Teloschistaceae. I Teloschistaceae er der tre monofyletiske grupper med maksimal støtte, Caloplacoideae, Teloschistoideae og Xanthorioideae. Det er altså tre underfamilier som holder i alle molekylære fylogenetiske analyser, men deres innbyrdes slektskapsforhold er uklart.

Vi kommer at holde oss i underfamilien Xanthorioideae, som forfatterne (Arup et al. 2013) analyserer i to deler («Clade 1» og «Clade 2») i figur 2 og 3. Jeg tenker starte i «Clade 2», der vi finner fire norske arter i slekten Xanthomendoza.


Thursday, June 20, 2013

Facebook writing: Xanthoria s. lat.


Dette er de 10 artene som i dag er kjent fra Norge:

 • Xanthoria aureola - kystmessinglav
Xanthoria borealis - fjellmessinglav
Xanthoria candelaria - grynmessinglav
 • Xanthoria elegans - raudberglav
Xanthoria fallax - buktmessinglav (En)
Xanthoria fulva - dvergmessinglav
Xanthoria parietina - vanlig messinglav
Xanthoria poeltii - leppemessinglav
Xanthoria polycarpa - småmessinglav
Xanthoria sorediata – kalkmessinglav
 
To ytterligere arter som jeg mener er sannsynlig å finne i Norge er Xanthoria calcicola (Sverige i hvert fall N til Varbergs festning på vestkysten; Danmark) og X. ulophyllodes (Storbritannia, der jeg har sett den i Scotland). For ca 10 år siden samlet Hans og jeg en Xanthoria utenfor Vinstra, som vi preliminært etiketterte X. «ulophyllodes». Dessverre har vi ikke klart å finne ute om det virkelig er den arten (enda)...

Xanthomendoza ulophyllodes locality, Scotland.