Jättelav!

Äntligen publicerad! "Variation in Ricasolia amplissima (Scop.) De Not. in Norway and Europe – a mere response to climate?" (Lindblom & Blom 2025)

Semester 2013

Det är min sista semesterdag idag. Jag har haft en riktigt lång semester iår. Från 1 juli till siste juli; det blir 23 dagar! I min tjänst har jag 25 feriedagar, så nästan alla dagarna rök! Fast en dag var jag sjukskriven, så den får jag tillbaka...

Första veckan var inte så bra, jag hade svårt att släppa jobbet och ändå känna någon mening "med allt". Men Jenny och Torsten tog med mig på utflykt till Milde och middag hemma hos dem på söndagen den 7 juli, så från och med den dagen var allt OK!

Torsdag 11 juli var Tysabri-dag och på kvällen reste vi till Skåne! I år utökade vi fältarbetet för X. calcicola och inventerade ca 50 extra kyrkor, mestadels på Österlen! Och Glimmingehus! Lovely hela tiden! 16-17 juli övernattade vi på hotell Svea i Simrishamn (lyckad bokning genom booking.com). Hela Skånesemestern var solig och lagom varm. Vi hann med en hel del aktiviteter med min familj också; bland annat middag med hela familjen på Kulturens Östarp, biltur med Johan till Smygehuk, biltur med Johan till Vårhallen och Simrishamn, handla på COOP Forum i Lund (ost!). Kvällen den 22 juli reste vi hem till Bergen igen.

Vi har sett en del på fotbolls-EM för damer på svensk TV (Sverige var arrangör), Tyskland vann. Och så har vi kört på turer, bland annat till Turøy (Sotra) och Kastevik (Bømlo). Kastevik var igår -en lång biltur, mestadels regn. Den turen handlar om Lobaria virens.

Idag ska jag pyssla med olika mysiga saker. Dessutom ska Hans och jag koordinatsätta skånska kyrkor som vi har varit vid!

Vad jag INTE ska idag: Tänka på jobbet, tänka på mina artiklar, dammsuga!

Vårhallen, Skåne. Blandade populationer av X. parietina och X. aureola. Och en älskad bryolog.

OBS: När man har sett så många individ av X. calcicola - och så många blandpopulationer av X. calcicola och X. parietina - som vi har gjort; är det lätt att inse att X. aureola och X. calcicola INTE är identiska, utan två gott skilda arter! Igen och igen får jag bekräftat hur viktigt det är att studera arter i fält, och icke allena förlita sig på molekylära resultat på 1-2 genetiska markörer!!! You can cite me on that!

Tips and Tricks - for R and Excel.

Pluggar

Nu har jag bara fem sidor kvar att läsa i "Coalescent Theory. An Introduction" av John Wakeley! Den är inte lätt och matematiken förstår jag mera intuitivt än strikt logisk-matematisk. Det gör ingenting. Jag ska inte tenta den. Jag läser frivilligt, det är en rest från tiden som post-doc (2002-2006).

The Book I soon will finish (five pages!)

Publis!

Äntligen kommer artikeln om mikrosatelliter och Lobaria pulmonaria!

Nested clade analysis

An interesting discussion - why do people use NCA?

A point on genetic markers was also made, by Andy:
"As far as using a single locus for inferring historical demography, it's fine to argue that it's unacceptable (and anyone with any knowledge of coalescent theory would agree), but again, as a practical matter, unless you are working on a fairly well-studied group, you are often stuck. Mitochondrial loci are easy to amplify and variable enough for intraspecific questions (too bad they are all linked), while primers for sufficiently variable nuclear loci are often unavailable without a lot of pilot work (and even if you do attempt to develop your own primers, you could come up with nothing useful)."

Two problems here:
- few markers known
- recombination

Can methods based on the Bayesian ever help us?

Useful review

If you have an interest in evolution and analysing populations; read this article from 2006: Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide, by Laurent Excoffier and Gerald Heckel. Pubished in Nature Reviews Genetics.

Here is the Abstract: "The analysis of genetic diversity within species is vital for understanding evolutionary processes at the population level and at the genomic level. A large quantity of data can now be produced at an unprecedented rate, requiring the use of dedicated computer programs to extract all embedded information. Several statistical packages have been recently developed, which offer a panel of standard and more sophisticated analyses. We describe here the functionalities, special features and assumptions of more than 20 such programs, indicate how they can interoperate, and discuss new directions that could lead to
improved software and analyses."

Project financing

Ur dagens BIO-INFO (osäker på om externa läsare kommer in på sidan):

4 ved BIO fikk UiB-støtte til frie forskerinitierte prosjekter
Dette var de fire BIO-søknadene som hadde fått best karakter fra refereene, uten å få penger. Alle fire fikk det beløpet de søkte UiB om.
-Christiane Todt: Aplacophoran phylogeny and the molluscan tree of life (250 000)
- Nils Kåre Birkeland: Comparative genomics of Archaeoglobus fulgidus strain 7324, a subsurface hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon isolated fram a hot North Sea oil-well (300 000)
- Sigrunn Eliassen Female infidelity promotes male cooperation i collective predator defense (300 000)
- Louise Lindblom Genetic variation, biodiversity and phylogeography in lichenised fungi (259 000)
---
JIHAO!?
Trevlig helg!

P.S. Gissa om det blev cava till aperitif!!!

Inferring Demographic History

I struggled with running analyses of the total data set of Xanthoria parietina using software Beast (& Beauti!) for one whole year. Then I gave up. It was surely a wise decision. The data set is too small (14 populations, 2 markers), at least for the analysis tools currently available

Through the evolgen blog, I was referred to Drummond's own blog today. this is very interesting, and I will follow the development eagerly.

Consanguinous

Consanguinous (matings) - relationship through a common ancestor (Wright 1943).