Listor

Det ær mest listor i skallen just nu; vad har jag gjort, vad har jag inte gjort, vad blev bra, vad gick i dass... Och vad ska jag hinna innan torsdag 24 december. Och vad VILL jag gøra innan julen kommer?! Puh!

Prioritera något

Jag ska inte skriva hær i november! Jag ska skriva klart en artikel, vara med min familj, jobba som en iller. Auf Wiedersehen!

Dagens jobb...

How to Calculate a DNA Primer Concentration...

Allt på en gång

Det går inte att göra allt på en gång. Jag måste ha tålamod och ta en sak i taget. I dag har jag skickat exponatet till Oslo. Sedan transporterar kommissionären det, tillsammans med andra norska exponat, med bil til Upplands Väsby.  Under tiden ska jag, bland annat: extrahera DNA från rosor, ormbunkar och en rödalg; ta en weekend i Frankfurt/Main; jobba mer på labbet; klippa håret.

Hösten hittills

Hittills har hösten inneburit en del kroppslig skröplighet, kan man säga. Jag har: provat en medicin som gjorde mig sjuk, bitit sönder en tand, bränt handleden när jag skulle koka köttgryta, och - pricken över i:et - vaknade imorse med blåskatarr. Småsaker, och ingenting som inte går att fixa, vilket är bra. Men så mååånga småsaker, det tär. Vi tog helt enkelt en whisky innan maten idag, quick fix.

Höjden av lyx

Det lyxigaste jag vet om i mitt liv är duntäcket! Dessutom är jag lycklig ägare till TVÅ! Ett tunnare sommartäcke  och ett superlyxigt vintertäcke. Vi bäddade rent för en stund sedan och då passade jag på att lägga i vinterdynan. Mysigt! Öppet fönster, sval höstluft och igår kväll kunde man höra en brölande hjort på fjället! God natt!

That time

It's that time of the year... Third seaseon, and I'm not convinced that they should have continued this TV series...

September

Yes, it is that time of the year. Evenings are rapidly getting darker (and so is my mind). I'm getting better at fighting it; socializing, knitting, reading, writing - and being VERY kind to myself  ( and everyone near me).

Reading: https://en.m.wikipedia.org/wiki/Olive_Kitteridge

Jobben min - mitt jobb

Det bästa med mitt jobb är, att arbetsuppgifterna varierar kolossalt!
Till exempel,
- i måndags ledde jag lab-möte, stängde ett annat lab (i kraft av skyddsombud), samt  laddade och satte igång vårt nya avancerade instrument IonChef.
- i dag, torsdag, körde jag en enkel vattentvätt av vårt andra avancerade instrument IonTorrent (sekvenserar DNA), pipetterade ut ddH2O, buffert och dNTPs, körde en diskmaskin på lab och tömde den efteråt, svarade på några enkla frågor, och gick upp för att kolla att användarna på det labbet jag stängde i tisdags har det någorlunda bra.

Everything was beautiful, and nothing hurt. (Kurt Vonnegut, Slaughterhouse five)

Sosiala veckan

Bokcirkel hemma hos mig igår, vi var sju stycken. Frimärksklubb ikväll. Vad blir det imorgon, mån tro?

Introverta veckan

Ensam-hemma-veckan är slut. HHB kom hem fredag natt. Bra! Men det var gott att ha några stillsamma och introverta dagar! Behövde vila efter bröllopsfesten i söndags, där vi höll igång till klockan två på natten!

Idag har jag förberett før att bokcirkeln ska vara hemma hos mig imorgon kväll. Och HHB har städat och tvättat loftgången. Jättefint!

Lättad

På klubbmötet med BFK går sa jag några ord till minne om en kompis i klubben, som dog i förra veckan. Kände en stor lättnad efteråt.
I dag mötte jag min MS-sköterska på sjukhuset och avslutade kapitlet med Fampyra. Kände mig lättad.
Nu skiner solen, jag slutar kl 15, och ska till biblioteket! Ensam hemma-vecka - vad ska jag ha till middag?!

Sticke

Försöker ta mig ur "tras-träsket", men denna måste jag försöka!

IonChef

Another New Instrument! Introducing The IonChef! Soon, lab technicians will be obsolete?

Släktforsking

En start. Tack, pappa!

En grej jag hittade i dag:
"Albin Ernst Lindblom, fyrmästare 1910-37, bar dagligen surtut (dubbelknäppt livrock med stora slag). Han vaknade om fyr­vaktarens steg på däcket över honom tystnade."

Last days of summer

Söndagen i går var strålande: minst 24 grader och sol! Och vad gjorde jag? Läste Master thesis, men kunde åtminstone sitta ute... I skuggan. I dag var jag s.k. sensor och det gick ju bra. Molnen börjar dra in och temperaturen ska visst gå ner. I fredags var jag hos frissan, i lördags köpte vi kostym etc till HHB och i dag ska jag på ansiktsbehandling. Och så måste jag komma ihåg att köpa nya strumbyxor! Därför att på söndag ska vi på bröllop!!! Eller om det "bara" är bröllopsfest, jag vet inte så noga. Vi ska vara här:


Imorgon blir det Tysabri, kurs i IonChef, och första frimärksklubbkvällen för hösten!

Ordentlig vecka

Denna veckan håller jag introduktionskurs på DNA-labbet för två nya Masterstudenter. Jobbigt men mysigt! Utanför är det solsken - äntligen kom sommaren!

31 mars 2013

Kjære lichenologer tilknyttet DNA-lab (BDL)!

Etter å ha jobbet med å optimisere PCR-reaksjoner for lav en god stund, har jeg i «Xanthoria calcicola-prosjektet» kommit frem til en robust protokoll. Og hemmeligheten, fant jeg til slutt ut, var å skifte taq!

Historien er sirka sånn:

Når jeg startet med Xanthoria parietina i 2002, brukte vi Herculase taq i 50 yl-reaksjoner (Lindblom & Ekman 2005, Mycol.Res.). Allerede fra PCR no 1 hadde jeg høy suksess-rate – det virker som Xanthoria generellt er takknemlig å jobbe med molekylært. Jeg ser i labjournalen at jeg av og til kjørte noen PCR med AmpliTaq og/eller AmpliTaq Gold, med varierende resultat. Herculase var altid best.

En gang i 2003 gikk vi over til AmpliTaq, Maria optimiserte litt på den nye PCR-maskinen, og kjørte partial IGS (ca 300 bp) med stort hell. Inimellom brukte hun Herculase ser jeg, antagelig på litt vanskelige prøver.

En gang i 2004 gikk laben over til KlenTaq, fordi den var billig. I begynnelsen virket den fint, men som noen av dere vet så måtte vi slutte pga at den begynte å lage smear, og vi klarte aldri å finne ut hva som var galt. (Hvis jeg husker riktig.) Til tross for at Heidi hadde kontakt flere ganger med produsenten…

Så vi gikk tilbake til AmpliTaq, og straks etter det, i 2005, var populasjonsprosjektet mitt ferdig på lab.

Når jeg kom tilbake på lab med lavmateriale i 2008 var det Pannariaceae og Amplitaq. I 2009 testet jeg AmpliTaq, Qiagen taq og Takara taq på Degelia IGS og AmpliTaq var fortsatt «best».

Nåvel, tilbake til Xanthoria; nå Xanthoria calcicola. Helt fra begynnelsen hadde jeg problemer med PCR som ikke virket, eller - når de virket - doble bånd, dårlige sekvenser, you name it. Jeg har optimisert siden desember 2009: Forskjellig reaksjonsvolum, AmpliTaq vs. AmpliTaq Gold vs. VWRtaq, forskjellig mengde DNA, ulike PCR-programmer, temperatur-gradienter… Noen ganger da jeg trodde at protokollen endelig var OK, ble neste kjøring bare skit…

Til slutt, i august 2012, kjøpte jeg en tube Herculase (BioNordika) for 4664,25 kroner! Etter det gikk alt så mye bedre; nesten 100% suksess-rate på PCR, bedre primerspesifisitet og ekstremt ryddige og lett editerte  sekvenser! Jeg sekvenserer nå total  ITS (ca 520 bp) med bare en primer (ITS1f).

Jeg bruker 0,15 μl Herculase taq i 25 µl-reaksjoner. Da koster det 10 kroner per reaksjon. Fordi jeg fikk veldig mye DNA (ITS) med den originale PCR-cyclingen, har jeg laget ett kortere program på BioRad-maskinene våre. Legger ved ett eksempel på en vellykket PCR.

Jeg har skrevet hele denne historien, fordi jeg mener Herculase bør prøves  på «vanskelige» lav-ekstrakter! Jeg har brukt opp tuben fra i høst, men vil kjøpe mere, og DNA-lab tilbyr fra nå av Herculase taq som et alternativ til AmpliTaq/AmpliTaq Gold.

Hilsen,

Louise

(Ansvarlig tekniker DNA-lab)

Mål

10. Sätt upp mål! Att ha rimliga mål och klara att nå dem ökar vårt välbefinnande. Bra mål kan vara att testa en ny aktivitet, lära sig något nytt.

Jaja, jodå, hm, jag vet ... Alltid bra att konkretisera, skriva, mästra, klara av!

Hejdå Posten.se och Postnord

Nu har jag avslutat mitt abonnemang på svenska frimärken hos Postnord. Augusti-leveransen blir den sista, och så stoppas även Bulletinen. Tråkigt, men det måste bli så. Energin som tappas genom att hålla sig ikapp med nya utgivningar, måste nu användas till min samling 1855-2014! Och mina utställnings-exponat, såklart!