IonChef

Another New Instrument! Introducing The IonChef! Soon, lab technicians will be obsolete?

Släktforsking

En start. Tack, pappa!

En grej jag hittade i dag:
"Albin Ernst Lindblom, fyrmästare 1910-37, bar dagligen surtut (dubbelknäppt livrock med stora slag). Han vaknade om fyr­vaktarens steg på däcket över honom tystnade."

Last days of summer

Söndagen i går var strålande: minst 24 grader och sol! Och vad gjorde jag? Läste Master thesis, men kunde åtminstone sitta ute... I skuggan. I dag var jag s.k. sensor och det gick ju bra. Molnen börjar dra in och temperaturen ska visst gå ner. I fredags var jag hos frissan, i lördags köpte vi kostym etc till HHB och i dag ska jag på ansiktsbehandling. Och så måste jag komma ihåg att köpa nya strumbyxor! Därför att på söndag ska vi på bröllop!!! Eller om det "bara" är bröllopsfest, jag vet inte så noga. Vi ska vara här:


Imorgon blir det Tysabri, kurs i IonChef, och första frimärksklubbkvällen för hösten!

Ordentlig vecka

Denna veckan håller jag introduktionskurs på DNA-labbet för två nya Masterstudenter. Jobbigt men mysigt! Utanför är det solsken - äntligen kom sommaren!

31 mars 2013

Kjære lichenologer tilknyttet DNA-lab (BDL)!

Etter å ha jobbet med å optimisere PCR-reaksjoner for lav en god stund, har jeg i «Xanthoria calcicola-prosjektet» kommit frem til en robust protokoll. Og hemmeligheten, fant jeg til slutt ut, var å skifte taq!

Historien er sirka sånn:

Når jeg startet med Xanthoria parietina i 2002, brukte vi Herculase taq i 50 yl-reaksjoner (Lindblom & Ekman 2005, Mycol.Res.). Allerede fra PCR no 1 hadde jeg høy suksess-rate – det virker som Xanthoria generellt er takknemlig å jobbe med molekylært. Jeg ser i labjournalen at jeg av og til kjørte noen PCR med AmpliTaq og/eller AmpliTaq Gold, med varierende resultat. Herculase var altid best.

En gang i 2003 gikk vi over til AmpliTaq, Maria optimiserte litt på den nye PCR-maskinen, og kjørte partial IGS (ca 300 bp) med stort hell. Inimellom brukte hun Herculase ser jeg, antagelig på litt vanskelige prøver.

En gang i 2004 gikk laben over til KlenTaq, fordi den var billig. I begynnelsen virket den fint, men som noen av dere vet så måtte vi slutte pga at den begynte å lage smear, og vi klarte aldri å finne ut hva som var galt. (Hvis jeg husker riktig.) Til tross for at Heidi hadde kontakt flere ganger med produsenten…

Så vi gikk tilbake til AmpliTaq, og straks etter det, i 2005, var populasjonsprosjektet mitt ferdig på lab.

Når jeg kom tilbake på lab med lavmateriale i 2008 var det Pannariaceae og Amplitaq. I 2009 testet jeg AmpliTaq, Qiagen taq og Takara taq på Degelia IGS og AmpliTaq var fortsatt «best».

Nåvel, tilbake til Xanthoria; nå Xanthoria calcicola. Helt fra begynnelsen hadde jeg problemer med PCR som ikke virket, eller - når de virket - doble bånd, dårlige sekvenser, you name it. Jeg har optimisert siden desember 2009: Forskjellig reaksjonsvolum, AmpliTaq vs. AmpliTaq Gold vs. VWRtaq, forskjellig mengde DNA, ulike PCR-programmer, temperatur-gradienter… Noen ganger da jeg trodde at protokollen endelig var OK, ble neste kjøring bare skit…

Til slutt, i august 2012, kjøpte jeg en tube Herculase (BioNordika) for 4664,25 kroner! Etter det gikk alt så mye bedre; nesten 100% suksess-rate på PCR, bedre primerspesifisitet og ekstremt ryddige og lett editerte  sekvenser! Jeg sekvenserer nå total  ITS (ca 520 bp) med bare en primer (ITS1f).

Jeg bruker 0,15 μl Herculase taq i 25 µl-reaksjoner. Da koster det 10 kroner per reaksjon. Fordi jeg fikk veldig mye DNA (ITS) med den originale PCR-cyclingen, har jeg laget ett kortere program på BioRad-maskinene våre. Legger ved ett eksempel på en vellykket PCR.

Jeg har skrevet hele denne historien, fordi jeg mener Herculase bør prøves  på «vanskelige» lav-ekstrakter! Jeg har brukt opp tuben fra i høst, men vil kjøpe mere, og DNA-lab tilbyr fra nå av Herculase taq som et alternativ til AmpliTaq/AmpliTaq Gold.

Hilsen,

Louise

(Ansvarlig tekniker DNA-lab)

Mål

10. Sätt upp mål! Att ha rimliga mål och klara att nå dem ökar vårt välbefinnande. Bra mål kan vara att testa en ny aktivitet, lära sig något nytt.

Jaja, jodå, hm, jag vet ... Alltid bra att konkretisera, skriva, mästra, klara av!

Hejdå Posten.se och Postnord

Nu har jag avslutat mitt abonnemang på svenska frimärken hos Postnord. Augusti-leveransen blir den sista, och så stoppas även Bulletinen. Tråkigt, men det måste bli så. Energin som tappas genom att hålla sig ikapp med nya utgivningar, måste nu användas till min samling 1855-2014! Och mina utställnings-exponat, såklart!

 

 

 

 

 

Flow

8. Hitta flytet! Hitta aktiviteter som ger dig en känsla av flyt och närvaro. Kanske prova yoga eller mindfulness för att lära dig att slappna av och fokusera på nuet.

Det går faktiskt, men jag försöker att inte tänka för mycket! Och jag tykcker att det hänger i hop med:

9. Njut mer! Ägna minst fem minuter per dag åt att öva på att njuta av vardagliga saker som en varm dusch eller en kvällspromenaden. Återupplev härliga minnen, fira glada händelser.

Förlåt mig

7. Förlåt! Öva på läkande förlåtelse. Till exempel skriv ett brev där du beskriver hur du blev sårad och försöker förstå varför personen handlade som den gjorde. (Behöver ej skickas).
Skitbra tips! Jag skriver till levande personer, döda personer och ibland till och med till mig själv!

Stopp søndag

Efter en fin dag igår, lördag, och en pigg och fin dag idag - var det plötsligt stopp! Skulle skriva lite nu, men nej, det blir TV...

Vårda lyckan

6. Vårda dina relationer! Lyckliga människor har nära relationer till andra. Ofta till familjen, men vänner är lika bra. Ta dig tid med dina nära och visa dem uppskattning.

Jag är väldigt ojämn när det gäller att vårda mina relationer. Ibland är jag aktiv, men ibland liksom 'glömmer' jag det. Jag har några få riktigt nära vänner. Tacksam för att ha dem!

Bli lyckligare - härda ut!

5. Härda ut! "Hitta sätt att klara stress, förluster och motgångar. Allt från att söka stöd hos vänner och familj till att finna mening i det som har skett och att skriva ned det."

Ibland måste jag tvinga mig själv att acceptera läget och låta tiden gå, försöka avleda uppmärksamheten från det jobbiga. Och komma ihåg att försöka sätta ord på det, antingen med hjälp från HHB eller skriva.Skriva är alltid bra. Då kan jag senare, när jag härdat ut, gå tillbaka och fatta mer. Och så har jag litteraturen, som alltid är trösterik.

Första veckan

Hur går det med skrivandet? Ett mål för denna veckan var ju: "att skriva färdigt ett första manuskript till två av dem." Om jag ska klara det, så måste jag jobba på bra idag. Men jag är ändå nöjd med processen. Det har varit skönt att ha sommarlov ensam hemma, utan krav, ganska asocialt, men gjort undan en del jobb som låg och väntade här hemma. Och läst! Och ätit glass. Och stickat på en "tote bag". Och pratat med min man. Igår var det värmebölja, 30 grader C. Jag tycker att allt över 24 är för varmt, men det var skönt att sitta ute på balkongen en hel lång kväll, långt efter att solen gick ner bakom Løvstakken klockan 21.40...

Idag är det mulet och inte så varmt, men fortfarade skönt att sitta på balkongen. Dricker kaffe. Och för att ytterligare klydda till min skrivprocess, har jag nu bestämt mig för att starta på det tredje manuskriptet! Men det ska bara bli en mycket kort text, tror och hoppas jag!

My reading and thinking place, Bergen.

Skryt

Detta inlägget var kanske mer än lovligt skrytigt, men jag behövde det! Hittills har 2015 känts som om jag paddlar förtvivlat, men inte kommer någonstans. Det var som om ingenting blev färdigt, inga avslut, bara tjock sirap. Running to stand still...

Och nu är det semester, och det behöver jag verkligen. Samtidigt har jag som mål att skriva tre artiklar; två till Den blaa Løve och en till Lavbulletinen (dvs, om "Bulle"-redaktören vill ha den...). Målet för denna vecka är att skriva färdigt ett första manuskript till två av dem. Så nu har jag städat skrivbordet och det är ju alltid bra! Kaffe i koppen och så blir det inspirationsstund.

Aktivitet våren 2015

·      Prosjekter fra DNS:

o   Buxus (PH Salvesen)

o   Bulla (M Malaquias)

o   Ficus (J Smedmark/ HL Andersen)

o   Lobaria virens (L Lindblom, T Tønsberg)

o   Pandalidae mitochondria (E Willassen)

o   Rosa (H Parsian)

o   Sorbus (HL Andersen et al.)

·      Ion Torrent PGM:

o   Ekstrahering (DNA, RNA)

o   Lage biblioteker (DNA, RNA)

o   Antall kjøringer: 11 chip, blant annet Pandalidae mitochondria (E Willassen)

·      Veiledning:

o   Introduksjon til DNA-Lab, 2 tilfeller

o   Veiledning av 1 praktikant

o   Labmøter, 10 stk og 1 dugnad*

·      Varaverneombud (A-blokken)

o   HMS-kurs: 40 timer

o   Div møter, f.eks. HMS nettverksmøter for Mat.Nat.

·      Teknikerforum

o   Studietur til Island 1.-5. juni. Rapport er på vei.

·      Nye teknikker og instrument

o   RNA ekstrahering og rens

o   qPCR

o   Bioanalyzer

·      Kurert en del lavkollekter til BG og LD

*) Ros til de som tar turen fra Realfagbygget ned til Marineholmen for å delta!

 

- MEN NU ER DET FERIE!

Snälla saker / Kindness

4. Gör snälla saker! Inför aktivt fler goda gärningar i din vardag. Sitt barnvakt åt en stressad förälder, besök en ensam, äldre person, håll upp dörren, skänk pengar, med mera.
¨
På denna punkten tycker jag att jag är himla bra! Jag är naturligt snäll. Eller hur?

Sluta grubbla

3. Sluta grubbla! "Öva på att sluta jämföra dig med andra och att älta problem. Du kan ha en bestämd ”grubbeltid” eller skriva ned problemen för att göra dem konkreta och lättare att lösa."

Alltså, i mitt huvud finns det två kategorier av grubbel
1) Det vardagliga ältandet av problem. Där har jag blivit mycket bättre på att "sluta jämföra dig med andra och att älta problem".
2) Grubblande över de stora filosofiska och existensiella problemen. Det verkar som om jag aldrig kan sluta med dessa grubblerierna. Det finns ju inga svar. Och jag tror att jag har haft dem sedan jag var mycket liten. Livet, livet, livet... Skriva hjälper i en viss grad.

Sveriges Kortbrev 1889-1922

Hur gick det? Jo, bra! Jag siktade på 63 poäng, men fick 68! Det vill säga en stor silvermedalj på regional utställning.

Sticke

Vad ska jag sticka nu? Har gjort tillræckligt med disktrasor, har fått komplimenter før min topp... Kanske en "Black Lily"? http://webbshop.garntua.se/files/user/Black_Lily.pdf

Eller något till HHB? http://www.garnstudio.com/lang/se/visoppskrift.php?d_nr=0&d_id=553&lang=se

Optimism

Hur går det med listan? Nästa punkt är punkt 2. Bli mer optimistisk! Träna på att se det positiva hos dig själv, andra och i livet. Testa skrivövningen Min bästa framtid där du målar upp det bästa som kan hända dig på olika sätt.
Jag tycker att det oftast går bra. Men det är lättare att vara positiv mot andra än mot sig själv. Men jag tränar på att bli snällare mot mig. Det känns inte som att jag behöver ta till ovanstående skrivövning, för jag är ju redan mitt i min bästa framtid!