Saturday, January 04, 2014

Forskningsprocessen; ett exempel

Äntligen kom min artikel i Herzogia! Man kan inte se den på hemsidan ännu*, men jag har särtrycket, som jag fick fredagen den 20 december! Åh, det har varit en lång resa!

Historien började på våren år 2007. Jag var lättare desperat jobbmässigt, eftersom mitt post-doc hade gått ut 2006, och ingen av mina  ansökningar till Forskningsrådet lyckades. Jag sökte då i Synthesys om tre veckors forskningsbesök i Köpenhamn. Och äntligen blev en ansöking beviljad! Naturligtvis ingen lön, men resa, kost, logi och forskning betald! Och så kunde jag tillbringa helgerna i Skåne hos familjen!

23 juli 2007 startade projektet! Det var jag och Ulrik Søchting (som var opponent på min avhandling 1997) som ville genomföra en revision av arterna Xanthoria borealis (nordhemisfärisk utbredning) och Xanthoria mawsonii (sydhemisfärisk utbredning, på Antarktis). De tre veckorna skulle jag i stort sett jobba med att producera DNA-sekvenser. Tillsammans skulle vi studera morfologi och lägga upp strategi för analyser och publikation.

Det började i stort sett bra. Men det visade sig att jag hade fått den algspecifika ITS-primern istället för primern för svampens ITS! Och det är svampen ((mykobionten) som avgör lavarters systematiska placering... Pust; men jag klarade bakslaget och att producera tillräckligt med data till analyserna.

Och jag fick faktiskt tid att uppleva mer än bara laboratoriet under de veckorna! Tivoli, Zoologisk have, grillkväll hemma hos Ulrik och hans familj...

Artikeln publicerades 2008 (Lindblom, L. & Søchting, U. Taxonomic revision of Xanthomendoza borealis and Xanthoria mawsonii (Lecanoromycetes, Ascomycota. Lichenologist 40: 399-409). Men jag kunde inte glömma algsekvenserna och gick länge och ruvade på dem. Till slut i början av 2012, fick jag ändan ur vagnen, hittade sekvens-filerna, editerade och alignade dem. Och jag tyckte att strukturen var intressant, men körde ganska snabbt fast. "Stuckness"... Det var Christian som fick mig på rätt kurs och som tyckte att jag skulle skicka in det färdiga manuskriptet till Herzogia. Jag är så tacksam!  Första versionen var klar i mars 2013.

När kom refereernas "dom"? I början av juli, och det var mycket som måste fixas innan artikeln blev accepterad! Jag blev faktiskt lite förvånad över vilken hög amibitionsnivå refereerna förväntade, tidksriften har inte precis någon hög såkallad impact factor. Men jag gjorde det!!! Skickade in det reviderade manuskriptet i augusti och läste det sista korrekturet i slutet av oktober.

Och nu finns artikeln: Lindblom, L. & Søchting, U. Genetic diversity of the photobiont of the bipolar lichen-forming ascomycete Xanthomendoza borealis. Herzogia 26: 307-322.

Jag är nöjd med att få ut två artiklar av tre veckors intensivt lab-arbete! Ett par personer har definierat den sista artikeln som ett resultat av "serendipity". Jag håller med om att resultaten är så, men analyserna och skrivandet och produktionen av artikeln var hårt arbete, och jag är stolt över att inte ha gett upp!

*) Nu är den på webben!


No comments: