Friday, January 31, 2014

Goddag fredag

På att göra-listan:
- Aliquot EXO & SAP
- Deponera X. poeltii-sekvens i GenBank
- Buxus: starta upp projektet (primers, protokoll, lab journal)
- Förbereda för Hobbymässan; med Audun 15.00
- Beställa plast, pipetter, filter etc från VWR

Thursday, January 30, 2014

Sköna torsdag

1) Vi Läser i brevlådan när jag kom hem!
2) Förbereder för Bergen Filatelist-Klubs medverkan på hobbymässa i helgen!
3) Antikrundan på SVT!

Tuesday, January 28, 2014

PCR cyclers of the DNA Lab

Jeg har "døpt" den nye PCR-maskinen til McClintock. Barbara McClintock fikk Nobelprisen og sees av og til som en ikon av feministiske vitenskapsfolk. "Hun" er "slave" til Franklin. Litt fra wikipedia:
"Barbara McClintock (June 16, 1902 – September 2, 1992), was an American scientist and one of the world's most distinguished cytogeneticists, the 1983 Nobel Laureate in Physiology or Medicine

In the summer of 1944 at Cold Spring Harbor Laboratory, McClintock began systematic studies on the mechanisms of the mosaic color patterns of maize seed and the unstable inheritance of this mosaicism.

McClintock officially retired from her position at the Carnegie Institution in 1967, and was made a Distinguished Service Member of the Carnegie Institution of Washington.[36] This honor allowed her to continue working with graduate students and colleagues in the Cold Spring Harbor Laboratory as scientist emerita; she lived in the town.

Most notably, she received the Nobel Prize for Physiology or Medicine in 1983, the first woman to win that prize unshared, credited by the Nobel Foundation for discovering "mobile genetic elements"; it was more than 30 years after she initially described the phenomenon of controlling elements. She was compared to Gregor Mendel in terms of her scientific career by the Swedish Academy of Sciences when she was awarded the Prize.

McClintock died of natural causes in Huntington, New York, on September 2, 1992 at the age of 90; she never married or had children."

P.S.
"Rosalind Elsie Franklin (25 July 1920 – 16 April 1958) was a British biophysicist and X-ray crystallographer who made critical contributions to the understanding of the fine molecular structures of DNA (deoxyribonucleic acid), RNA, viruses, coal, and graphite. Her DNA work achieved the most fame because DNA plays an essential role in cell metabolism and genetics, and the discovery of its structure helped her co-workers understand how genetic information is passed from parents to their offspring.

Franklin is best known for her work on the X-ray diffraction images of DNA which led to the discovery of the DNA double helix. According to Francis Crick, her data was key to determining the structure to formulate Crick and Watson's 1953 model regarding the structure of DNA. Franklin's images of X-ray diffraction confirming the helical structure of DNA were shown to Watson without her approval or knowledge. This image and her accurate interpretation of the data provided valuable insight into the DNA structure, but Franklin's scientific contributions to the discovery of the double helix are often overlooked."

Monday, January 27, 2014

Pharrell Williams - Happy (Official Music Video)



Ska strax resa hem och montera frimärken!

Friday, January 24, 2014

Ja, alltså

Det är fredag - igen! Denna veckan har jag gelrensat med RMT, hållit labmöte, ordnat med att få inlagt gas (kväve) och säkra elkontakter på lab (plus säkerställt finansieringen!), varit på bokcirkel, varit på Marin Biodiversitet-seminarium, varit på frimärksklubben, fysioterapi på Haukeland (uppfölning), möte med en doktorand, heldags HMS-möte för Universitetsmuseet (igår), fixat en massa löpande småsaker på lab, skrivit på en artikel/short communication, pust... Ja, alltså, jag är ganska mör idag! Just nu laddar jag för att orka klä på ytterkläderna och RESA HEM!

Friday, January 17, 2014

Redan Fredag

Jag tror det var första gången jag såg fram emot Tysabri*-torsdagen på sjukhuset... Hade så mycket att göra denna veckan, mest med förberedelser för installaton av labens nya instrument och med lab introduktionskurs för tre nya användare. Så några timmar med veneflon igår var ren avkoppling! Bäst av allt var att jag kunde gå direkt hem och koppla av och vila. Men jag är trött idag också... Kursen är färdig för min del och dagens möte med hantverkare på Post-PCR-lab är avklarat! Kan jag få gå hem snart?

*) "TYSABRI is thought to keep white blood cells from getting into the brain and attacking nerves."

Sunday, January 12, 2014

Projekt: Tidsprocess

Vad jag menar med rubriken är att tiden går och det gäller att hänga med. Dagens stora händelse: Vi kastade ut julgranen! Tråkigt; vi gillade den så himla mycket. Men nu hade den stått sedan 23 december och drack ganska lite vatten. Efteråt packade vi ner alla julsaker, och jag dammsög hela lägenheten (c. 55 m2).

Det är skönt att vara helt ledig och bra pyssla hemma. Jag har dessutom köpt en tidning och så löser jag sudoku. Till middag blir det ørret, citron, potatis och sås. Visstre du att citron stavas med "s" på norska? C blir S: sitron, sykkel, sivilisert, sitar. Men cello och cymbal!

Saturday, January 04, 2014

Forskningsprocessen; ett exempel

Äntligen kom min artikel i Herzogia! Man kan inte se den på hemsidan ännu*, men jag har särtrycket, som jag fick fredagen den 20 december! Åh, det har varit en lång resa!

Historien började på våren år 2007. Jag var lättare desperat jobbmässigt, eftersom mitt post-doc hade gått ut 2006, och ingen av mina  ansökningar till Forskningsrådet lyckades. Jag sökte då i Synthesys om tre veckors forskningsbesök i Köpenhamn. Och äntligen blev en ansöking beviljad! Naturligtvis ingen lön, men resa, kost, logi och forskning betald! Och så kunde jag tillbringa helgerna i Skåne hos familjen!

23 juli 2007 startade projektet! Det var jag och Ulrik Søchting (som var opponent på min avhandling 1997) som ville genomföra en revision av arterna Xanthoria borealis (nordhemisfärisk utbredning) och Xanthoria mawsonii (sydhemisfärisk utbredning, på Antarktis). De tre veckorna skulle jag i stort sett jobba med att producera DNA-sekvenser. Tillsammans skulle vi studera morfologi och lägga upp strategi för analyser och publikation.

Det började i stort sett bra. Men det visade sig att jag hade fått den algspecifika ITS-primern istället för primern för svampens ITS! Och det är svampen ((mykobionten) som avgör lavarters systematiska placering... Pust; men jag klarade bakslaget och att producera tillräckligt med data till analyserna.

Och jag fick faktiskt tid att uppleva mer än bara laboratoriet under de veckorna! Tivoli, Zoologisk have, grillkväll hemma hos Ulrik och hans familj...

Artikeln publicerades 2008 (Lindblom, L. & Søchting, U. Taxonomic revision of Xanthomendoza borealis and Xanthoria mawsonii (Lecanoromycetes, Ascomycota. Lichenologist 40: 399-409). Men jag kunde inte glömma algsekvenserna och gick länge och ruvade på dem. Till slut i början av 2012, fick jag ändan ur vagnen, hittade sekvens-filerna, editerade och alignade dem. Och jag tyckte att strukturen var intressant, men körde ganska snabbt fast. "Stuckness"... Det var Christian som fick mig på rätt kurs och som tyckte att jag skulle skicka in det färdiga manuskriptet till Herzogia. Jag är så tacksam!  Första versionen var klar i mars 2013.

När kom refereernas "dom"? I början av juli, och det var mycket som måste fixas innan artikeln blev accepterad! Jag blev faktiskt lite förvånad över vilken hög amibitionsnivå refereerna förväntade, tidksriften har inte precis någon hög såkallad impact factor. Men jag gjorde det!!! Skickade in det reviderade manuskriptet i augusti och läste det sista korrekturet i slutet av oktober.

Och nu finns artikeln: Lindblom, L. & Søchting, U. Genetic diversity of the photobiont of the bipolar lichen-forming ascomycete Xanthomendoza borealis. Herzogia 26: 307-322.

Jag är nöjd med att få ut två artiklar av tre veckors intensivt lab-arbete! Ett par personer har definierat den sista artikeln som ett resultat av "serendipity". Jag håller med om att resultaten är så, men analyserna och skrivandet och produktionen av artikeln var hårt arbete, och jag är stolt över att inte ha gett upp!

*) Nu är den på webben!