IonChef

Another New Instrument! Introducing The IonChef! Soon, lab technicians will be obsolete?

Släktforsking

En start. Tack, pappa!

En grej jag hittade i dag:
"Albin Ernst Lindblom, fyrmästare 1910-37, bar dagligen surtut (dubbelknäppt livrock med stora slag). Han vaknade om fyr­vaktarens steg på däcket över honom tystnade."

Last days of summer

Söndagen i går var strålande: minst 24 grader och sol! Och vad gjorde jag? Läste Master thesis, men kunde åtminstone sitta ute... I skuggan. I dag var jag s.k. sensor och det gick ju bra. Molnen börjar dra in och temperaturen ska visst gå ner. I fredags var jag hos frissan, i lördags köpte vi kostym etc till HHB och i dag ska jag på ansiktsbehandling. Och så måste jag komma ihåg att köpa nya strumbyxor! Därför att på söndag ska vi på bröllop!!! Eller om det "bara" är bröllopsfest, jag vet inte så noga. Vi ska vara här:


Imorgon blir det Tysabri, kurs i IonChef, och första frimärksklubbkvällen för hösten!

Ordentlig vecka

Denna veckan håller jag introduktionskurs på DNA-labbet för två nya Masterstudenter. Jobbigt men mysigt! Utanför är det solsken - äntligen kom sommaren!

31 mars 2013

Kjære lichenologer tilknyttet DNA-lab (BDL)!

Etter å ha jobbet med å optimisere PCR-reaksjoner for lav en god stund, har jeg i «Xanthoria calcicola-prosjektet» kommit frem til en robust protokoll. Og hemmeligheten, fant jeg til slutt ut, var å skifte taq!

Historien er sirka sånn:

Når jeg startet med Xanthoria parietina i 2002, brukte vi Herculase taq i 50 yl-reaksjoner (Lindblom & Ekman 2005, Mycol.Res.). Allerede fra PCR no 1 hadde jeg høy suksess-rate – det virker som Xanthoria generellt er takknemlig å jobbe med molekylært. Jeg ser i labjournalen at jeg av og til kjørte noen PCR med AmpliTaq og/eller AmpliTaq Gold, med varierende resultat. Herculase var altid best.

En gang i 2003 gikk vi over til AmpliTaq, Maria optimiserte litt på den nye PCR-maskinen, og kjørte partial IGS (ca 300 bp) med stort hell. Inimellom brukte hun Herculase ser jeg, antagelig på litt vanskelige prøver.

En gang i 2004 gikk laben over til KlenTaq, fordi den var billig. I begynnelsen virket den fint, men som noen av dere vet så måtte vi slutte pga at den begynte å lage smear, og vi klarte aldri å finne ut hva som var galt. (Hvis jeg husker riktig.) Til tross for at Heidi hadde kontakt flere ganger med produsenten…

Så vi gikk tilbake til AmpliTaq, og straks etter det, i 2005, var populasjonsprosjektet mitt ferdig på lab.

Når jeg kom tilbake på lab med lavmateriale i 2008 var det Pannariaceae og Amplitaq. I 2009 testet jeg AmpliTaq, Qiagen taq og Takara taq på Degelia IGS og AmpliTaq var fortsatt «best».

Nåvel, tilbake til Xanthoria; nå Xanthoria calcicola. Helt fra begynnelsen hadde jeg problemer med PCR som ikke virket, eller - når de virket - doble bånd, dårlige sekvenser, you name it. Jeg har optimisert siden desember 2009: Forskjellig reaksjonsvolum, AmpliTaq vs. AmpliTaq Gold vs. VWRtaq, forskjellig mengde DNA, ulike PCR-programmer, temperatur-gradienter… Noen ganger da jeg trodde at protokollen endelig var OK, ble neste kjøring bare skit…

Til slutt, i august 2012, kjøpte jeg en tube Herculase (BioNordika) for 4664,25 kroner! Etter det gikk alt så mye bedre; nesten 100% suksess-rate på PCR, bedre primerspesifisitet og ekstremt ryddige og lett editerte  sekvenser! Jeg sekvenserer nå total  ITS (ca 520 bp) med bare en primer (ITS1f).

Jeg bruker 0,15 μl Herculase taq i 25 µl-reaksjoner. Da koster det 10 kroner per reaksjon. Fordi jeg fikk veldig mye DNA (ITS) med den originale PCR-cyclingen, har jeg laget ett kortere program på BioRad-maskinene våre. Legger ved ett eksempel på en vellykket PCR.

Jeg har skrevet hele denne historien, fordi jeg mener Herculase bør prøves  på «vanskelige» lav-ekstrakter! Jeg har brukt opp tuben fra i høst, men vil kjøpe mere, og DNA-lab tilbyr fra nå av Herculase taq som et alternativ til AmpliTaq/AmpliTaq Gold.

Hilsen,

Louise

(Ansvarlig tekniker DNA-lab)

Mål

10. Sätt upp mål! Att ha rimliga mål och klara att nå dem ökar vårt välbefinnande. Bra mål kan vara att testa en ny aktivitet, lära sig något nytt.

Jaja, jodå, hm, jag vet ... Alltid bra att konkretisera, skriva, mästra, klara av!

Hejdå Posten.se och Postnord

Nu har jag avslutat mitt abonnemang på svenska frimärken hos Postnord. Augusti-leveransen blir den sista, och så stoppas även Bulletinen. Tråkigt, men det måste bli så. Energin som tappas genom att hålla sig ikapp med nya utgivningar, måste nu användas till min samling 1855-2014! Och mina utställnings-exponat, såklart!

 

 

 

 

 

Flow

8. Hitta flytet! Hitta aktiviteter som ger dig en känsla av flyt och närvaro. Kanske prova yoga eller mindfulness för att lära dig att slappna av och fokusera på nuet.

Det går faktiskt, men jag försöker att inte tänka för mycket! Och jag tykcker att det hänger i hop med:

9. Njut mer! Ägna minst fem minuter per dag åt att öva på att njuta av vardagliga saker som en varm dusch eller en kvällspromenaden. Återupplev härliga minnen, fira glada händelser.

Förlåt mig

7. Förlåt! Öva på läkande förlåtelse. Till exempel skriv ett brev där du beskriver hur du blev sårad och försöker förstå varför personen handlade som den gjorde. (Behöver ej skickas).
Skitbra tips! Jag skriver till levande personer, döda personer och ibland till och med till mig själv!