My species

 "One caution is that we confirm Lindblom (2006) that there are common morphological overlaps between  Xanthomendoza galericulata and Xanthomendoza fulva that may make absolute field identification, as indicator species, more difficult."  (Rogers et al. 2007. Aspen Indicator Species in Lichen Communities in the Bear River Range of Idaho and Utah. Evansia 24(2): 34-41.)

Always Xanthomendoza

Idag har jag analyserat sekvenser från en Xanthomendoza-kollekt* samlad i Nord-Trøndelag. För exakt 10 år sedan idag höll jag också på med detta släkte! Man blir ju aldrig färdig… Och, varför håller man på?, som Fredrik Sjöberg kallade en av sina böcker.

*) Graphis Scripta 31(7), (2019)

Xanthomendoza in Norway

Fortfarande så stolt!

A revision of Xanthomendoza in Norway is just published. From accepting only a single species in the 1980's, we now recognize five. The long enigmatic X. ulophyllodes is reinstated in the Nordic lichen flora.

Abstract: We distinguish five Xanthomendoza species in Norway, viz., X. borealis, X. fallax, X. fulva, X. oregana, and X. ulophyllodes, based on morphology and molecular evidence. This paper gives an updated taxonomy of the Norwegian species of Xanthomendoza, and addresses previous misconceptions. Xanthomendoza ulophyllodes is reported as occurring in Norway. The species was previously misunderstood in Norway and removed from the Nordic checklist. We show that the nuclear internal transcribed spacer (nrITS) is a useful barcode marker for the treated species. We provide a key and short descriptions of the species, with notes on specific issues, ecology, geographic distribution, illustrations, maps, and a DNA reference library (DNA barcoding).

Download the paper by Lindblom et al. (2019), Graphis Scripta 31 (7): 55–75.

Xanthomendoza ulophyllodes (Herbarium photograph of BG-L-103816, Norway, Oppland, NordFron. Lindblom & Blom L240, (BG). GenBank: MN238699. Scale bar: 2 mm. Photo: E. Timdal.) 

Nionde december

Och där satt den!  
2019-12-09 — Graphis Scripta 31(7)published.

Sjätte december

Dagen är 12:47 timmar kortare än vid midsommar. Det är mörkt, speciellt som det inte ligger snö. Men jag är glad, för det är milt och ingen snö och is! I morse öppnade jag balkongdörren och lyssnade på gärdsmygens sång. Inte förrän i år har jag lärt mig att gärdsmyg markerar revir på vintern!

Igår skickade vi sista versionen av vårt reviderade manuskript till Graphis Scripta! Skönt!

P.S. Och nu fick jag artikeln till korrekturläsning!

Fjärde december

Jag jobbade hela dagen nästan med att revidera vårt Xanthomendoza-manuskript!

Och funderade på årets julköttbullar!

https://mittkok.expressen.se/recept/kottbullar-i-ugn-enkelt-recept/

https://www.koket.se/jul-med-ernst/ernst-kirchsteiger/kottbullar-i-ugn--ernsts-recept/

https://www.ica.se/recept/kottbullar-i-ugn-725937/

Eller
https://underbaraclaras.se/2014/12/17/basta-julkottbullarna/

Processen processen processen (den vetenskapliga)

Kolla vad jag skrev för mer än 6 år sedan!


"To ytterligere arter som jeg mener er sannsynlig å finne i Norge er Xanthoria calcicola (Sverige i hvert fall N til Varbergs festning på vestkysten; Danmark) og X. ulophyllodes (Storbritannia, der jeg har sett den i Scotland). For ca 10 år siden samlet Hans og jeg en Xanthoria utenfor Vinstra, som vi preliminært etiketterte X. «ulophyllodes». Dessverre har vi ikke klart å finne ute om det virkelig er den arten (enda)…"


Ja, med hjälp av en DNA-sekvens kan vi visa, att det verkligen var X. ulophyllodes vi samlade! Och nu hoppas jag att vårt manuskript blir publicerat itidskriften Graphis Scripta! Men OBS OBS det är inte acceperat ännu.

Submission

Igår var det tisdag, och som vanligt gick jag på frimärksklubben, BFK. Jag var där vid 19-tiden, för vi skulle ha styrelsemöte, där jag är suppleant.
Men innan dess hade jag hunnit med att göra massvis denna oktober-tisdagen:
- Satt upp 60+ PCR-reaktioner (kloningsprojekt för en doktorand som ska bli färid, samma som innan i år)
- Redigerat och fixat sista på manuskriptet, och till sist skrivit brev till redaktören - och äntligen skickat in hela paketet (manuskript, figurer, kartor, tabeller)!
- Varit på projektmöte (say no more)
- Tagit årets influensavaccin på apoteket (service!)
- Provat och köpt ett par svarta byxor, som jag ska ha på alla fester (till exempel på lördag)
- Stickat litegrann på min Campside (mys)

© Alicia Plummer

Manuskript!

Alla lediga stunder idag har jag tillbringat med X-manuskriptet! Google Drive är en välsignelse - jag i Bergen och ena medförfattaren i Oslo jobbade samtidigt med texten. Coolt! Och himla effektivt. Dialog med honom och simultan redigering. Om någon hade berättat för mig att utvecklingen var på väg hit när jag gick kursen på mitten av 1990-talet, nej jag tror inte jag hade trott på det. Vi lärde oss att använda Gopher, och allt var text. Inga sökmaskiner.

August I'm in Love

Augusti
1-5: Jobbade, planerade, packade resväskan
6: Lagade en tand hos tandläkaren, reste till Oslo, checkade in på Thon Hotel Terminus. Avslutade dagen med en öl på Lorry tillsammans med "Meland-gänget"
7: Mötte RRMO på kafé på Sagene. Øyafestivalen på Tøyen kl 14:15 till 23:00
8: Botaniska museet, Tøyen, Oslo. Vi arbetade med Xanthomendoza- artikeln. Mötte mina föräldrar, som kom med Flytoget till Oslo S. Kvällsmat på Terminus
9: Vi åkte Bergenbanen tillsammans!


https://www.thonhotels.no/hoteller/sok/?HotelSearch=Bergen+-+4+hoteller&SearchPageId=934&CheckInDate=2019-08-16+00%3A00%3A00Z&CheckOutDate=2019-08-17+00%3A00%3A00Z&Rooms=1,0,0,0

Äntligen

It's published! Lindblom, L. & Blom, H. H. 2014. "Xanthomendoza poeltii is a synonym of X. oregana (Teloschistaceae, lichen-formig ascomycetes. Lichenologist 46:829-832.

Äntligen! Foto här.

Semester, semester, semester

Semestern är igång! De sista veckorna på lab var fyllda med jobb, och det mesta handlade om att konstruera DNA-bibliotek och sekvensera med vårt nya instrument: IonTorrent PGM.

Jag arrangerade också årets "DNA-lab spring cleaning" en eftermiddag med efterföljande pizza och social samvaro. Det funkar!

Igår hämtade jag vår hyrbil, som vi ska köra på "släktstur" i Telemark och Vestfold! Det blev en automatväxlad Mercedes, skönt för mig med mitt lilla handikapp.

Nu är jag snart färdig med 150 sekvensreaktioner, som jag ska leverera till Sekvenslabbet. Det är X. calcicola-projektet. "Free-lance lichenology"...

Och så är våran "Short communication", som jag har tjatat om här superlänge, äntligen antagen! Bara några små korrigeringar och lägga till en figur, så!

Revised version

The revised version that I submitted on 06-May-2014 - is STILL in review! FIVE pages of a REVISED manuscript takes more than one month to review! How is that possible???

In addition, it's only a "Short communication", not a full scientific paper...

Nä Ja Kanske

Idag är det exakt sex veckor vi skickade ett manuskript, och vi har inte fått svar från tidskriften ännu! Hur kan det ta mer än 30 dagar att granska ett manuskript, som inte är längre än två sidor brödtext???

Idag 22 april; efter nästan en månad: "Awaiting Editor Decision"!

Min forskning används!

Steven D. Leavitt, H. Thorsten Lumbsch &  Larry L. St. Clair har skrivit en artikel i tidskriften The Bryologist, där de använder min forskning som bas! Kul!
   Artikeln heter "Contrasting demographic histories of two species in the lichen-forming fungal genus Xanthomendoza (Teloschistaceae, Ascomycota)" och handlar om hur klimatförändringar/ istider har påverkat populationerna och utbredningsmönstren hos två av "mina" arter, Xanthomendoza borealis (bipolar) och X. mendozae (endemisk i Nordamerika).
   Fyra av mina artiklar från 2000-talet citeras. Det betyder att forskningen och de resulterande publikationerna var till nytta.




Xanthomendoza galericulata Lindblom (Photo Jan Berge.)

Goddag fredag

På att göra-listan:
- Aliquot EXO & SAP
- Deponera X. poeltii-sekvens i GenBank
- Buxus: starta upp projektet (primers, protokoll, lab journal)
- Förbereda för Hobbymässan; med Audun 15.00
- Beställa plast, pipetter, filter etc från VWR

Forskningsprocessen; ett exempel

Äntligen kom min artikel i Herzogia! Man kan inte se den på hemsidan ännu*, men jag har särtrycket, som jag fick fredagen den 20 december! Åh, det har varit en lång resa!

Historien började på våren år 2007. Jag var lättare desperat jobbmässigt, eftersom mitt post-doc hade gått ut 2006, och ingen av mina  ansökningar till Forskningsrådet lyckades. Jag sökte då i Synthesys om tre veckors forskningsbesök i Köpenhamn. Och äntligen blev en ansöking beviljad! Naturligtvis ingen lön, men resa, kost, logi och forskning betald! Och så kunde jag tillbringa helgerna i Skåne hos familjen!

23 juli 2007 startade projektet! Det var jag och Ulrik Søchting (som var opponent på min avhandling 1997) som ville genomföra en revision av arterna Xanthoria borealis (nordhemisfärisk utbredning) och Xanthoria mawsonii (sydhemisfärisk utbredning, på Antarktis). De tre veckorna skulle jag i stort sett jobba med att producera DNA-sekvenser. Tillsammans skulle vi studera morfologi och lägga upp strategi för analyser och publikation.

Det började i stort sett bra. Men det visade sig att jag hade fått den algspecifika ITS-primern istället för primern för svampens ITS! Och det är svampen ((mykobionten) som avgör lavarters systematiska placering... Pust; men jag klarade bakslaget och att producera tillräckligt med data till analyserna.

Och jag fick faktiskt tid att uppleva mer än bara laboratoriet under de veckorna! Tivoli, Zoologisk have, grillkväll hemma hos Ulrik och hans familj...

Artikeln publicerades 2008 (Lindblom, L. & Søchting, U. Taxonomic revision of Xanthomendoza borealis and Xanthoria mawsonii (Lecanoromycetes, Ascomycota. Lichenologist 40: 399-409). Men jag kunde inte glömma algsekvenserna och gick länge och ruvade på dem. Till slut i början av 2012, fick jag ändan ur vagnen, hittade sekvens-filerna, editerade och alignade dem. Och jag tyckte att strukturen var intressant, men körde ganska snabbt fast. "Stuckness"... Det var Christian som fick mig på rätt kurs och som tyckte att jag skulle skicka in det färdiga manuskriptet till Herzogia. Jag är så tacksam!  Första versionen var klar i mars 2013.

När kom refereernas "dom"? I början av juli, och det var mycket som måste fixas innan artikeln blev accepterad! Jag blev faktiskt lite förvånad över vilken hög amibitionsnivå refereerna förväntade, tidksriften har inte precis någon hög såkallad impact factor. Men jag gjorde det!!! Skickade in det reviderade manuskriptet i augusti och läste det sista korrekturet i slutet av oktober.

Och nu finns artikeln: Lindblom, L. & Søchting, U. Genetic diversity of the photobiont of the bipolar lichen-forming ascomycete Xanthomendoza borealis. Herzogia 26: 307-322.

Jag är nöjd med att få ut två artiklar av tre veckors intensivt lab-arbete! Ett par personer har definierat den sista artikeln som ett resultat av "serendipity". Jag håller med om att resultaten är så, men analyserna och skrivandet och produktionen av artikeln var hårt arbete, och jag är stolt över att inte ha gett upp!

*) Nu är den på webben!

Facebook writing: Xanthoria s. lat. IV

4) Xanthomendoza fallax: Som en konsekvens av revisionen av X. fallax-gruppen av Poelt & Petutschnig (1992a, b) trudde man ikke at X. fallax i strikt bemerkelse fantes i Norge (Krog et al. 1994: s 350).

Etter hvert fant jeg en kollekt i materialet som blitt ombestemt til X. ulophyllodes i herbariet i Oslo, som jeg mente var X. fallax. Men ettersom jeg bare jobbet med min revision av artene i Nordamerika, gjorde jeg ikke noe annet enn å legge igjen en lapp med kommentar i herbariekonvolutten… Senere fant Einar Timdal enda en kollekt, som vi ble enig var riktig X. fallax! Vi hadde uavhengig av hverandre besøkt en av lokalitetene (Horten) uten å finne igjen arten. Men, mens vi holdt på å skrive på et manuskript om X. fallax i Norge, fant Einar riktig lokalitet i Oslo - og der vokser jammen en fin populasjon!

Vi har publisert dette i Graphis Scripta (Lindblom & Timdal 2004). Helt til slutt  kommenterte vi: ”… it is not unlikely that more localities may turn up, at least in southern parts of the country. ”, og joda, Einar (og Reidar) har funnet flere voksesteder i Vestfold og Telemark! Men den er fortsatt rødlistet som ”truet” (EN).

Jeg ser i NLD at der finnes to funn fra Nord-Trøndelag (herb TRH), men jeg tror de er feilbestemt; kanskje de egentlig er X. fulva?

Arten vokser på rikbarkstrær, alm, ask, lind og lønn. I Skåne har den to kjente voksesteder, begge på mur. En av murene står rett bak et almetre X. fallax var kjent fra, men som ble hogget ned pga almesyke (Frödén & Lindblom 2003).

Der er ikke noen beskrivelse av morfologien i NLD (ettersom X. fallax ikke var med i Krog et al. 1994), men her er noen ord fra Artfakta (svenske ArtDatabanken):
« Fjällig vägglav har en gulorange till orange, upp till 30 mm bred rosettformad bål. Loberna är 1–2 mm breda, i stort sett plana och ibland svagt uppstigande. Vita till gula rhiziner förekommer ofta. Gula soral förekommer i kraterformade fördjupningar som bildas mellan över- och underbark på kanterna av korta sidolober. Apothecier är ovanliga, orange och 1–2 mm breda. » I NLD Photo Gallery er der 19 fotografier av typisk norsk X. fallax og lokaliteten i Oslo.

For meg er viktige diagnostiske karakterer:
- Thallus med liggende lober
- Soralen ser ut som små fuglereir med små grønnlige soredier (grønnlige fordi soredier har ikke noe barksjikt = forskjell fra blastidier)

- Rhiziner

Xanthomendoza fallax er antageligvis nærmest slekt med X. ulophyllodes (begge artene finnes både i Nordamerika og Europa), men også X. alfredii og X. novozelandica må tas med som potensielt nære slektninger (Fig 1 og Fig 3 i Arup et al. 2013). Men utifra de to figurene og teksten, ser det ut til at slekten Xanthomendoza trenger et nærmere studium fof å avklare relasjonene mellom artene.

Litteratur:

* Frödén, P. & Lindblom, L. 2003. Fjällig vägglav fortfarande kvar i Sverige. Lavbulletinen 2003: 22–25.

* Krog, H., Østhagen, H. & Tønsberg, T. 1994. Lavflora. Norske busk- og bladlav. 2 ed. Universitetsforlaget, Oslo.

* Poelt, J. & Petutschnig, W. 1992a. Beiträge zur Kenntnis der Flechtenflora des Himalaya IV. Die Gattungen Xanthoria und Teloschistes zugleich Versuch einer Revision der Xanthoria candelaria-Gruppe. Nova Hedwigia 54: 1–36.

* Poelt, J. & Petutschnig, W. 1992b. Xanthoria candelaria und ähnliche Arten in Europa. Herzogia 9: 103–114.

X. fallax, Norway, Vestfold, Horten - herb O-L41326

Facebook writing: Xanthoria s. lat. III

Xanthoria s. lat., Clade 2: Xanthomendoza

3) Xanthomendoza poeltii: er en europeisk(?) art, som ble beskrevet i 1997. I lavfloraen til Krog et al. ble den feilaktig kalt X. ulophyllodes, men det er rettet opp i NLD. Det er en innlandsart og finnes fra Telemark til Nord-Trøndelag, på rikbark, for eksempel alm, ask, lønn, men av og til også på bjørk, osp og berg. 

NLD beskriver morfologien:
« Lober 1–1,5 mm brede, sentrale lober tett taklagte, avrundete, med soral som ofte er synlige fra oversiden som en smal bord langs lobekanten. Endelober av og til med nedbøyde spisser. Rhiziner ofte tallrike.» Der er syv illustrasjoner av X. poeltii i NLD Photo Gallery.

For meg er viktige diagnostiske karakterer:
- Thallus gir et rufsete, uordnet inntrykk
- Soralen som en bord langs lobene (norsk navn: leppemessinglav)
- Aldri apothecier eller pyknid

Xanthomendoza poeltii finnes i Krog et al. Lavflora; på side 314, men som X. ulophyllodes. Arten ble opprinnelig beskrevet som ny for vitenskapen av Kondratyuk & Kärnefelt i 1997. Kanskje fordi den er så stygg og har en begrenset utbredelse i Norge, er den ikke med i Håkon Holien & Tønsberg sin Norsk Lavflora.

Xanthomendoza poeltii er nærmest slekt med X. galericulata og X. oregana (begge nordamerikanske arter). Disse tre artene danner en monofyletisk gruppe, som er søstergruppe til de to norske artene i Xanthomendoza (X. borealis & X. fulva), som jeg har skrevet om før i denne Fb-serien.

Jeg har en hypotese om at X. oregana (Nordamerika) og X. poeltii (Europa) egentlig bare er to navn på samme art. Hvis jeg har rett, så vil X. oregana være riktig navn på arten (Gyelnik 1932).

X. poeltii: Sweden, Skaane, Vomb - Arup & Ekman (herb O)

Facebook writing: Xanthoria s. lat. II

Xanthoria s. lat., Clade 2: Xanthomendoza

2) X. fulva: er i Norge ikke samlet lenger nord enn Steinkjær (Nord-Trøndelag). Akkurat som i Nord-Amerika se den ut til å ikke forekomme i kyststrøk, men er vanlig på Østlandet.

NLD sier:» Lober smale (0,3–0,8 mm), ± atskilte, som regel gaffelgrenete, med soredier på undersiden. Endelober ikke nedbøyde. Rhiziner få. Oversiden av varierende farge, guloransje, oransje eller nesten rødbrunt oransje. Apothecier sjeldne.”

Men NB at av og til har den masse oransje spisse rhiziner. Fine illustrasjoner i NLD.

For meg er viktige diagnostiske karakterer:

-          den dype oransje fargen (iblant nesten brunoransje)

-          røde pyknid som tydelige vorter på ovensiden (men de er oftest uvanlige)

-          thallus er tynn og nesten litt gjennomsiktig

-          de smale nesten fingeraktige smålobene («grunne innskjæringer»)

-          de grovkornete sorediene («blastidier»)

Xanthomendoza fulva er nærmest slekt med X. borealis (som jeg skrev om her i går), X. hasseana (Nordamerika) og X. montana (Nordamerika). I avhandlingen min (1997) skilte jeg ikke ut X. weberi (SO Nordamerika) fra X. fulva. (Men jeg rettet opp den feilen seinere, i 2006)… I figur 1 (Arup et al. 2013) kan man se at X. weberi egentlig ikke er nært beslektet med X. fulva i det hele tatt! So it goes…

Xanthoria fulva - Norway, Buskerud, Hole - 20041020 http://www.nhm2.uio.no/botanisk/lav/LAVFLORA/LAVFLORA.HTM